本罪与重大责任事故罪在主观上均有过失的因素，客观上亦都造成了重大事故和严重后果。区别主要在于：
1、客体要件不同，本罪所侵犯的客体为国家对环境保护和污染防治的管理活动。而重大责任事故罪侵犯的客体是公共安全，主要是指企业、事业单位中不特定人员的人身安全和公私财产的安全。
2、客观要件不同。本罪在客观上表现为违反国家规定，向土地、水体、大气排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或其他危险废物，造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者人身伤亡的严重后果的行为革。而重大责任事故罪在客观上则表现为在生产作业过程中，不服管理、违反规章制度，或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大责任事故，造成严重后果的行为。
3、主体要件不同。本罪的主体，既可以是符合一般主体条件的自然人，也可以是单位。而重大责任事故罪的主体则只能是自然人，一般而言仅限于厂矿企业、事业单位的职工。
两罪同属结果犯的范畴，都是由于其行为造成了重大环境污染事故，致使严重后果的发生，且主观上都含有过失的罪过形式，个别情况下也存在着故意形态，但主要是间接故意。两罪的主要区别是：
1、客体不同。本罪客体是国家环境保护和环境污染防治的管理制度，属于破坏环境资料的犯罪。而后罪侵犯的客体则为国家对环境保护工作的正常管理活动，属于渎职犯罪。 2、客观方面不同。本罪表现为违反国家规定，向土地、水体、大气排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或其他危险废物，造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者人身伤亡的严重后果的行为。而环境监管失职罪表现为环境保护部门的国家机关工作人员的严重不负责任，从而造成重大环境污染事故，这种严重不负责任主要体现为滥用职权和玩忽职守，不尽职责的行为。
3、主体不同。本罪的主体既可以是自然人，也可以是单位，对自然人作为本罪的主体没有限制条件，而后罪的主体是特殊主体，即负责环境保护监管职责的国家机关工作人员，单位不构成该罪主体。