区别的关键在于逃离部队的行为情节是否严重。对于情节不严重的逃离部队的行为，应当按违反军纪处理。
对军人逃离部队时或者逃离部队后又实施其他犯罪行为的定罪问题，应分别情况区别对待。如果军人逃离部队的行为本身已情节严重，构成逃离部队罪的，应与其又实施的其他犯罪行为进行数罪并罚;如果军人逃离部队的行为本身没有严重的情节，可将逃离部队作为其他犯罪行为从重处罚的情节，不再定逃离部队罪。
两罪的区别在于：
1、主体要件不同。本罪的主体为特殊主体，只能是军人;而投敌叛变罪的主体为一般主体，既可以是中国军人也可以是其他中国公民。
2、投敌叛变罪要求行为人必须是以危害国家安全为目的，实施了投敌叛变的行为，而不管行为人是被勾引、策动、收买，还是被捕被俘后经不起考验，而逃离部队罪只表现为逃离部队，并无投敌叛变的行为。如果军人逃离部队以后，又以危害国家安全为目的投敌叛变的，这就不仅触犯逃离部队罪，而且触犯投敌叛变罪，一般应择一个重罪即投敌叛变罪判刑。
犯这两种罪可能出于相似的犯罪动机，如害怕打仗，客观上又都可能在一定程度上脱离部队，其区别在于犯罪时是否面临战斗任务。前者主要指平时，即使发生在战时，也都没有面临具体、明确的战斗任务，如部队正在向战区开进或者在战区休整待命等;而后者必须是面临具体、明确的战斗任务，因此只有发生在战时和战场上。
这两种犯罪都有擅自离职的表现。其主要区别除了前者是故意犯罪，后者是过失犯罪外，逃离部队罪的犯罪主体是所有现役军人，其行为所违反的是现役军人依法服兵役的职责要求，行为人必须已离开部队;客观上并不要求已造成严重后果，而擅离军事职守罪的犯罪主体限定为指挥人员和值班、值勤人员，其行为发生在担任指挥和值班、值勤任务时，所违反的是指挥和值班、值勤人员的特殊职责要求，行为人只需离开特定的岗位，不要求必须离开部队，必须已造成严重后果。
这两种犯罪都有离队不归的行为。其主要区别在于前者以逃避服役为目的，并不要求逃至境外;后者则以背叛祖国为目的，而且必须逃至境外。军人叛逃的行为本身必然包含了逃离部队的行为。因此，在适用法律上，应根据重罪吸收轻罪的原则，以军人叛逃罪论处，不能再定逃离部队罪实行并罚。