二者对象相同，行为亦有某些相似，如都可能提供住食场所、财物等，因此，容易发生混淆，但两者还是有着本质的区别，(1)主观故意内容不同。本罪意图在于使其受到窝藏，即逃避部队及其他有关部门的查找；而后者则是为了使用逃离部队的军人的劳动力。其客观上虽有提供财物、住所的行为，但其目的在于使他为自己服务。因此，在有关部门向其查寻时一般不会为其说谎，而本罪行为人则通常会表现为积极给被窝藏人遮蔽。(2)客观行为不同。本罪为其提供隐蔽场所、财物一般是无偿的，并不想要对方提供劳动力加以偿还。在行为上，一般表现为暗地里隐藏、帮助其逃跑；而后者则表现为有偿聘请他人为自己服务，其不一定为其提供住宿场所。(3)对时间的要求不同。本罪必发生在战时；而后罪则无这一要求，既可以发生于战时，又可以发生在平时。有时候，行为人如果出于窝藏的故意，为其提供住处、财物，并让被窝藏之人提供一些劳动，形式似乎是雇用，实为窝藏，这时就应以本罪论处，而不是构成后罪。
1、主观要件不同。本罪在主观方面表现为明知是军人且为逃离部队的军人而仍决意窝藏；而后者则为明知是犯罪者而决意窝藏。
2、犯罪对象不同。本罪行为的对象是逃离部队的军人。军人既可以是不构成任何犯罪的军人，又可以是构成犯罪包括逃离部队罪或他罪的军人，而后者则不一定是军人，既可以是军人，也可以是非军人，但必须是犯罪人。
3、时间要求不同。本罪必以发生在战时为构成必要；而后者则无这一要求。
4、客观要件不同。本罪属情节犯，行为必须达到情节严重的程度才有构成其罪；而后者则为行为犯，一般情况下，只要实施了窝藏行为，除非情节显著轻微危害不大的，都要以犯罪论处。情节严重则是其罪的一个加重处罚情节。
5、客体不同。本罪所侵害的客体是部队的作战秩序及其兵役制度，进而指向国家的国防利益；而后者则是通过妨害司法机关的正常活动进而破坏社会管理秩序。当然，行为人在战时所窝藏的逃离部队的军人如果构成了犯罪，包括其逃离行为已构成逃离部队罪或具有其他罪行，这时又牵连触犯窝藏罪，对之应当择一重罪即后者从重处罚。