首先，妨害公务罪指向的对象是依法执行职务的国家工作人员。而本罪指向的对象是已生效的判决、裁定;其次，妨害公务罪的方法必须是用暴力、威胁的方法，而构成本罪不要求用这种方法。但是，往实践中，有的当事人拒不执行判决、裁定，往往表现为司法工作人员到现场强制执行判决、裁定时
(如强制拆除违章建筑、强制搬迁时)，当事人用对执行人员实施暴力的方法阻碍执行，这既是拒不执行判决、裁定，又具有妨害公务的特征，通常认为，对执行人员使用暴力，目的是阻碍执行判决、裁定，因此，定拒不执行判决、裁定罪更为恰当。
当事人以暴力阻止司法工作人员执行判决、裁定，其暴力程度应以造成轻伤害为限度，如果行为人在抗拒判决、裁定执行过程中将执行人员或协助执行人员打成重伤甚至杀害的，则应按牵连犯的原则，从一重罪按故意伤害罪或故意杀人罪处理。
当事人对已经生效的判决、裁定，依法具有提出申诉的权利。有些当事人在提出申诉时不冷静，可能会对有关执行机关的人员发生顶撞，只要他未抗拒执行判决、裁定的，就不能按本罪论处。如果是因为原判决失当或者当事人客观上确有困难，致使判决无法执行的，不能对当事人定罪，而应按照审判监督程序对原判决作适当改变。如果由于执行人员执行手续不完备，态度蛮横粗暴等工作错误而导致当事人抵制执行判决、裁定的，也不宜对当事人定罪。而应在纠正执行人员工作错误的基础上再执行判决、裁定，对于行为人只是消极地不执行判决、裁定或者抗拒执行情节轻微的，也不应作为犯罪处理的，而应先行教育，进而可强制执行。