依据我国相关法律的规定，专利管理部门对专利代理机构的违法行为进行调查时，要及时、全面、客观、公正地调查收集与案件有关的证据。
《专利代理管理办法》
第四十九条 省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门应当及时、全面、客观、公正地调查收集与案件有关的证据。可以通过下列方式对案件事实进行调查核实：
(一) 要求当事人提交书面意见陈述;
(二) 询问当事人;
(三) 到当事人所在地进行现场调查，可以调阅有关业务案卷和档案材料;
(四) 其他必要、合理的方式。
第五十条 案件调查终结后，省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门认为应当对专利代理机构作出责令停止承接新的专利代理业务、吊销执业许可证，或者对专利代理师作出责令停止承办新的专利代理业务、吊销专利代理师资格证行政处罚的，应当及时报送调查结果和处罚建议，提请国家知识产权局处理。
专利申请的过程是一个复杂的法律过程，其中的很多步骤都有严格的时间要求，对涉及的文件的格式、交费标注等也有较高的要求，任何文字、格式的错误或者时间的耽搁都有可能使申请费用增加、时间延长或者直接导致专利申请失败。
同时，专利申请文件的撰写不同于纯技术文件，特别是权利要求书和说明书是发明和实用新型专利申请文件中最重要的两个部分，它们的撰写是一项法律性、技术性很强的工作，其撰写好坏将会直接影响发明创造专利申请在专利局的审批速度及能否获得专利授权，权利要求书的撰写还会影响到专利保护范围的大小，有可能使自己在以后的专利侵权诉讼中处于劣势，这些在法庭到才能体会到。
专利局的相关数据也表明，专利权实际的保护范围与专利权人所期望的保护范围往往是存在的差别的，有时候审查会差别很大。因此，如果想要一个切实有效的专利权的保护，还是需要委托正规的、具备相当专利业务处理水平的专利代理人来代为办理专利业务。
国家知识产权局因此制定了专利代理制度，只有通过国家知识产权局组织的全国专利代理人资格考试，并且在专利代理机构中实习满一年的，才可以担任专利代理人，因此，专利代理人一般都具有较全面的专利法律知识，一定的技术知识，熟悉专利申请的整个过程。同时，专利代理人必须在国家知识产权局认定的专利代理机构中工作，领取代理人工作证书，由专利代理机构对客户负责。因此，委托专利代理机构代理申请专利，可以提高专利申请文件的质量，加快专利审批进度，使发明创造得到较好的保护，避免不必要的损失。