依据我国相关法律的规定，商店停业整顿的时限由作出行政处罚的行政机关决定，要在行政处罚决定书中载明停业的期限。
《中华人民共和国行政处罚法》
第三十九条 行政机关依照本法第三十八条的规定给予行政处罚，应当制作行政处罚决定书。行政处罚决定书应当载明下列事项:
(一)当事人的姓名或者名称、地址;
(二)违反法律、法规或者规章的事实和证据;
(三)行政处罚的种类和依据;
(四)行政处罚的履行方式和期限;
(五)不服行政处罚决定，申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限;
(六)作出行政处罚决定的行政机关名称和作出决定的日期。
行政处罚决定书必须盖有作出行政处罚决定的行政机关的印章。
一般来说，行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利;当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。听证依照以下程序组织：
(一)当事人要求听证的，应当在行政机关告知后三日内提出;
(二)行政机关应当在听证的七日前，通知当事人举行听证的时间、地点;
(三)除涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私外，听证公开举行;
(四)听证由行政机关指定的非本案调查人员主持;当事人认为主持人与本案有直接利害关系的，有权申请回避;
(五)当事人可以亲自参加听证，也可以委托一至二人代理;
(六)举行听证时，调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议;当事人进行申辩和质证;
(七)听证应当制作笔录;笔录应当交当事人审核无误后签字或者盖章。
由此我们可以知道，当行政机关作出责令停产停业的行政处罚时，应当告知其享有听证的权利，而且还应该给当事人法定的听证申请时限，以确保其充分行使听证权。在听证期限内，行政机关不得作出处罚决定。