依据我国相关法律的规定，如果不动产存在权属争议的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人。
《不动产登记暂行条例》
第二十二条 登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
(一)违反法律、行政法规规定的;
(二)存在尚未解决的权属争议的;
(三)申请登记的不动产权利超过规定期限的;
(四)法律、行政法规规定不予登记的其他情形。
1、申请登记
房屋所有人，即不动产证上登记的业主名字，带上户口簿和身份证原件、复印件到原不动产证办理处的房管局以书面形式提出补办不动产证的申请，申请书中要包含不动产证丢失的原因及房屋的详细信息，包括位置、结构、面积等相关内容，写好之后到房管局的遗失契证台办理。
2、备案查档
将不动产证的信息备案留档之后，并缴纳查档册费后，由房管局开具临时收据，对申请遗失事项进行内部查档审核，核实后进入下一个环节。
3、登报声明
房管局对不动产证业主的申请核实后，会出具一个证明，申请人带上该证明和临时收据到相应的报社登报办理“遗失产权证声明”，进行公告，宣布原证作废。
4、办理遗失登记发证手续
该流程是在登报声明发布之后进行的，申请人带上发布声明的报纸和房管局开具的收据回到房管局原不动产证发放机关办理具体事宜。
5、勘丈入册
对上述流程无异议者，申请人可以在六个月内向房屋测绘所提出申请对房屋进行重新勘丈，绘图，并将勘丈结果交由档案管理部门负责案件入册。至此不动产证补办的准备环节正式完成。
6、登记审查核准
将所有的资料交由房管局相关部门进行初审，复审和最终的审批，确保内容的真实性、准确性。
7、发证
房管局如果审批同意不动产证丢失者的申请，那么将重新为你补发新的不动产证。补发权证者，经缮证、校对后，凭“登记收件收据”领证。