依据我国相关法律的规定，运输合同纠纷是可以约定管辖法院的，但只能在运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院之间约定一个管辖法院。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二十七条 运输合同纠纷管辖
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
合同的司法管辖地一直是当事人的争议之处，这里面既有诉讼成本方面的原因也有其他方面的原因。按照民事诉讼法及其司法解释，合同中可以约定原告所在地、被告所在地、合同履行地、合同签订地法院管辖。为了明确合同的履行地，最高人民法院还进行了一系列的司法解释。
除非约定唯一的管辖法院，任何其他方式的约定均有可能导致管辖的不确定性。原告所在地法院管辖表面上是一种公平的约定，将管辖权授予了权益受损方所在地法院，但违约方完全可以行使诉权以“恶人先告状”的方式提起诉讼争夺管辖权。而被告所在地人民法院管辖则是大家都不希望的，因为“客场作战”会有许多麻烦和不可预料的问题。由于“原告就被告”本身就是管辖的原则之一，除非是为了排斥其他管辖，否则没必要约定。
约定合同签订地法院管辖能够保证管辖的唯一性，在合同中同时约定合同签订地即可做到。而合同履行地法院管辖问题由于诉讼法司法解释的存在，有时根本无需约定，只是在实际操作中控制履行地点并保留证据即可。如果非要约定合同履行地，则有多种隐蔽的表述方法，有时以约定了交货地点的方式替代，有时可约定产品价格包含代办托运费，或约定代办托运费由对方承担等。只要理解了相关法条和司法解释便会有多种方式去设立管辖条款。