依据相关法律的规定，两者主要的区别是保险期间不同，短期健康保险的保险期间为一年以及一年以下，而长期健康保险期间不得低于5年。
《健康保险管理办法》(2019.12.1实行)
第四条 健康保险按照保险期限分为长期健康保险和短期健康保险。
长期健康保险，是指保险期间超过一年或者保险期间虽不超过一年但含有保证续保条款的健康保险。
长期护理保险保险期间不得低于5年。
短期健康保险，是指保险期间为一年以及一年以下且不含有保证续保条款的健康保险。
保证续保条款，是指在前一保险期间届满前，投保人提出续保申请，保险公司必须按照原条款和约定费率继续承保的合同约定。
健康保险的承保条件一般比寿险要严格，由于疾病是健康保险的主要风险，因而对疾病产生的因素需要相当严格的审查，一般是根据被保险人的病历来判断，了解被保险人身体的既往史、现病史，有时还需要了解被保险人的家族病史。
另外还要对被保险人所从事的职业及其居住的地理位置及生活方式也要进行评估。在承保标准方面，一般有以下几种规定：
(1)观察期。
由于仅仅依据以前的病历难以判断被保险人是否已经患有某些疾病，为了防止已经患有疾病的被保险人投保，有时要在保单中规定一个观察期或称免责期，观察期一般为半年，被保险人在观察期内因疾病支出医疗费及收入损失，保险人不负责，观察期结束后保单才正式生效。
(2)次健体保单。
对于不能达到标准条款规定的身体健康要求的被保险人，一般按照次健体保单来承保，这时可能采用的方法有两种：一是提高保费，二是重新规定承保范围，比如将其某种疾病或某种保险责任作为批注除外后才予以承保。
(3)特殊疾病保单。
对于被保险人所患的特殊疾病，保险人制定出特种条款，以承保规定的特殊疾病。