依据我国相关法律的规定，股东之间签订协议后。因协议产生纠纷的，属于协议是属于合同，所以协议纠纷是属于合同纠纷。
《中华人民共和国合同法》
第二条 【合同定义】本法所称合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用其他法律的规定。
第一百二十八条 【合同争议的解决】当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。
当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书;拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。
合同有多种类型，不同类型的合同因履行地、签约地、承揽地等的不同，发生合同纠纷管辖法院也不一样。合同纠纷管辖法院，可以由双方当事人约定，如果没有约定的，通常由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。另外，也有些合同纠纷管辖是由法律规定的。其它由法律规定的合同纠纷管辖法院情况：
1、因保险合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者保险标的物所在地人民法院管辖。如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，由被告住所地或者运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地的人民法院管辖。
2、因票据纠纷提起的诉讼，由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。票据支付地，是指票据上载明的付款地。票据未载明付款地的，票据付款人(包括代理付款人)的住所地或主营业所所在地为票据付款地。
3、因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
4、因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。
5、因合同纠纷提起的诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。