窗口办理：
1.网上提前预约申请(网址：https://s.nia.gov.cn/)，按照规定填写《中国公民出入境证件申请表》，准备好需要提交的相关证明材料。
2.数码照相：现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。
3.采集指纹：申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4.受理申请：工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》)。
5.缴纳费用：申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用80元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
6.制作证件：受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
7.发放证件：申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件;若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
自助办理：
采集人像→到自助申请机填表→到复印区复印证件等相关材料→到叫号机取号，等待叫号办理→在受理窗口进行指纹核验→最后到缴费窗口缴费。
备注：如果有快递需求，到快递窗口办理快递。
经香港有关部门批准赴香港随任、就学、就业、居留、培训以及作为受养人赴香港依亲的;经澳门有关部门批准赴澳门随任、就学、就业人员，经澳门有关部门批准赴澳门居留的就业人员亲属，可以申请港澳逗留签注。
备注：
(一)申请人有下列情形之一的，不予批准签发往来港澳通行证和签注：
1、有法定不准出境情形的;
2、不符合申请条件的;
3、在申请过程中弄虚作假的。
(二)申请人在港澳地区的，不得委托他人代为申请。