依据我国相关法律的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，不能强制劳动者加班，所以劳动者是有权拒绝调休的。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》
70.休息日安排劳动者工作的，应先按同等时间安排其补休，不能安排补休的应按劳动法第四十四条第(二)项的规定支付劳动者延长工作时间的工资报酬。法定节假日(元旦、春节、劳动节、国庆节)安排劳动者工作的，应按劳动法第四十四条第(三)项支付劳动者延长工作时间的工资报酬。
71.协商是企业决定延长工作时间的程序(劳动法第四十二条和《劳动部贯彻〈国务院关于职工工作时间的规定〉的实施办法》第七条规定除外)，企业确因生产经营需要，必须延长工作时间时，应与工会和劳动者协商。协商后，企业可以在劳动法限定的延长工作时数内决定延长工作时间，对企业违反法律、法规强迫劳动者延长工作时间的，劳动者有权拒绝。若由此发生劳动争议，可以提请劳动争议处理机构予以处理。
首先，公司安排加班时，按规定要与员工协商，如果双方对加班调休与加班费协商一致，那么员工加班后即可以自主选择加班补偿。
因为约定劳动合同时，按照双方意思自治原则，所以只要双方对约定达成一致，那么便可以按该约定进行。
其次，双方协商不一致的，原则上，在休息日安排加班的，可以优先安排员工休，如果实在不能安排调休，就要支付加班费。
因此，一般情况下，未能协商给予员工自主权的，就要按照这个方法选择调休还是支付加班费。
最后，公司安排员工加班后，又不肯按规定进行调休或支付加班费的，必要时可以按照以下步骤申请劳动仲裁：
1、先要准备好如下材料：
(1)劳动争议申诉书一式三份;
(2)到工商局查询公司的工商登记资料一份;
(3)本人的身份证复印件一份;
(4)复印证据资料一式三份，如劳动合同或协议、工资单、工牌、上班打卡记录、同事的证人证言等。
2、向有管辖权的劳动仲裁委员会申请仲裁，一般都是向所在区、县的劳动仲裁委员会申请仲裁。