虽然在行为方式上都表现为剥夺了被害人的人身自由，但仍有不同之处。
1、侵犯的客体不完全相同。索债型非法拘禁罪是单一客体，主要是他人的人身自由权利;而绑架罪则是复杂客体，包含了被害人的人身自由权利和他人的财产权益。
2、行为目的不同。索债型非法拘禁罪仅仅是为了追索自己的债务而使被害人遭受监禁之苦，在其主观上并无获取他人财物或其他不法利益的企图或要求;绑架罪则通过对被害人的人身自由进行胁迫，意在勒索他人财物或将其他不法利益占为己有。
3、在主观上二者也不尽相同。索债型非法拘禁罪是故意并以剥夺他人人身自由、索取债务为目的;绑架罪则是直接故意并具有勒索财物或获取其他非法利益的目的。
索债型非法拘禁罪的行为与被害人或被要求交付财物的人之间存在债权债务关系，至于这一债务是否确实存在，是否合法，暂且不论。所以被害人大多为行为人的“债务人”或与之有密切关系的人，而绑架罪行为人为的是“求财”，是夺取属于他人的财物归己所有，为此，犯罪行为侵犯的对象，范围更宽泛，主要选取家境富裕、能支付大量赎金者下手，而非仅仅局限于自己的“债务人”。
如前所述，索债型非法拘禁罪为的是“索债”，而绑架罪中并不涉及这一“债”的关系，这也是二者最大的区别所在。它决定了行为人的犯罪欲望、主观恶性、行为动机，进而决定了其行为的社会危害性和人身危险性。因为索债型非法拘禁罪的行为人其所有行为的目的都是围绕追回对方“拖欠”自己的债务，实现自己的债权，维护自身的利益，只要这一目的达到了，通常就会罢手，而且索要财物的数额大多不会超出债务范围。但绑架罪则不同，为的是非法占有他人财物，行为人为了攫取更多的财物，往往会采取暴力强度及危害性更大的手段，并常常伴随着伤害人质人身、生命的故意，甚至可能出现“撕票”等现象，主观恶性和社会危害性明显强于前者。
“从《刑法》对两罪设定的法定刑看，两罪相差十分悬殊，如绑架罪的起点刑是十年有期徒刑，致使被绑架人死亡的，处死刑;而非法拘禁罪的一般情节则在三年以下处罚的，致人死亡的，处十年以上有期徒刑。”对前者惩罚的严厉性明显大于后者。这样规定也是要符合刑法中“罪责刑相应”的原则，对行为危害性大的，就应予以相应程度的惩罚，更有力地剥夺、限制行为人再次犯罪的能力，让其为自己的错误承担相应的责任，感受到一定的痛苦，以更好的教育、改造他，阻碍其继续犯罪。此外，还应注意，“在定性方面，前者在绑架过程中杀害被绑架人的，仍定绑架罪;后者在拘禁过程中使用暴力致人伤残、死亡的，不再定非法拘禁罪，而是定故意伤害罪、故意杀人罪”。
第二百三十八条 【非法拘禁罪】非法拘禁他人或者以其他方法非法剥夺他人人身自由的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。具有殴打、侮辱情节的，从重处罚。
犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑;致人死亡的，处十年以上有期徒刑。使用暴力致人伤残、死亡的，依照本法第二百三十四条、第二百三十二条的规定定罪处罚。
为索取债务非法扣押、拘禁他人的，依照前两款的规定处罚。
国家机关工作人员利用职权犯前三款罪的，依照前三款的规定从重处罚。
第二百三十九条 【绑架罪】以勒索财物为目的绑架他人的，或者绑架他人作为人质的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产;情节较轻的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
犯前款罪，杀害被绑架人的，或者故意伤害被绑架人，致人重伤、死亡的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
以勒索财物为目的偷盗婴幼儿的，依照前两款的规定处罚。