依据我国相关法律的规定，通过划拨的方式取得土地使用权兴建学校的，现在学校已经荒废后，政府是可以收回土地使用权的。
《中华人民共和国土地管理法》
第五十八条 有下列情形之一的，由有关人民政府土地行政主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权：
(一)为公共利益需要使用土地的;
(二)为实施城市规划进行旧城区改建，需要调整使用土地的;
(三)土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的;
(四)因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的;
(五)公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的。
依照前款第(一)项、第(二)项的规定收回国有土地使用权的，对土地使用权人应当给予适当补偿。
1、土地使用权行政划拨是由政府部门批准、在土地使用者缴纳补偿、安置等费用后将土地交付其使用，或者将土地使用权无偿交付给土地使用者使用的行为。
2、以划拨方式取得土地使用权的，除法律、行政法规另有规定外，没有使用期限的限制。虽然无偿取得划拨土地使用权没有年限限制，但因土地使用者迁移、解散、撤销、破产或者其他原因而停止使用土地的，国家应当无偿收回划拨土地使用权，并可依法出让。
3、因城市建设发展需要和城市规划的要求，也可以对划拨土地使用权无偿收回，并可依法出让。无偿收回划拨土地使用权的，其地上建筑物和其他附着物归国家所有，但应根据实际情况给予适当补偿。
4、好多人都搞不清楚行政划拨土地和出让土地的区别，实际上两者是有质的区别的，而且在拆迁赔偿时也是有区别的。
5、目前房地产开发用地取得方式主要有两种：国有划拨和国有出让。划拨土地是指开发商在当初获得土地的时候是无偿获取的，没有向国家缴纳过土地出让金;出让土地是指开发商以有偿的方式取得土地，并且根据评估地价的相关比例支付了土地出让金。
6、两者的主要区别是，国有划拨土地使用权没有使用期限，国有出让土地使用权有土地使用年限的限定。如普通住宅的使用年限为70年，商业用房40年，综合用房50年等等。
7、关于拆迁补偿问题，行政划拨土地，土地所有权还是属于国家的，划拨的时候一般是不用付款的，所以拆迁的时候一般是没有补偿的，但土地转让是需要付款的，但拆迁时也是有补偿的。