依据我国相关法律的规定，对厂房进行拆迁时，被拆迁企业是有权选择评估公司的，房地产价格评估机构由被征收人在规定时间内协商选定。
《国有土地上房屋征收评估办法》
第四条房地产价格评估机构由被征收人在规定时间内协商选定;在规定时间内协商不成的，由房屋征收部门通过组织被征收人按照少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等随机方式确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
房地产价格评估机构不得采取迎合征收当事人不当要求、虚假宣传、恶意低收费等不正当手段承揽房屋征收评估业务。
第五条同一征收项目的房屋征收评估工作，原则上由一家房地产价格评估机构承担。房屋征收范围较大的，可以由两家以上房地产价格评估机构共同承担。
两家以上房地产价格评估机构承担的，应当共同协商确定一家房地产价格评估机构为牵头单位;牵头单位应当组织相关房地产价格评估机构就评估对象、评估时点、价值内涵、评估依据、评估假设、评估原则、评估技术路线、评估方法、重要参数选取、评估结果确定方式等进行沟通，统一标准。
对被征收房屋价值的补偿，被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。如果选择货币补偿，对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
被征收房屋的价值，包括被征收房屋本身的价值、附属物的价值以及国有土地使用权的价值。这里的房屋是指除违法建筑和超过批准期限的临时建筑物之外的合法房屋。附属物是指与房屋主体建筑物有关的附属建筑物或构筑物。国有土地使用权的价值是指国有土地权属证书中批准被征收人使用的国有土地的使用权。此外被征收人对其房屋进行的装饰装修部分作为房屋的组成部分也应该给予补偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条第一款规定：对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。该条进一步说明，对被征收房屋补偿，不仅对房屋及附属物应当予以补偿，还应对国有土地使用权予以补偿，因此在具体的操作过程中房屋征收部门就房屋的具体价值不能事先做出规定，而是应当规定具体的评估程序、方法等内容。