依据我国相关法律的规定，农村自建房屋如果不是被执行人生活必需的房屋，人民法院是可以强制执行房屋的，法院一般会对房屋进行拍卖。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》
第五条 人民法院对被执行人下列的财产不得查封、扣押、冻结：
(一)被执行人及其所扶养家属生活所必需的衣服、家具、炊具、餐具及其他家庭生活必需的物品;
(二)被执行人及其所扶养家属所必需的生活费用。当地有最低生活保障标准的，必需的生活费用依照该标准确定;
(三)被执行人及其所扶养家属完成义务教育所必需的物品;
(四)未公开的发明或者未发表的著作;
(五)被执行人及其所扶养家属用于身体缺陷所必需的辅助工具、医疗物品;
(六)被执行人所得的勋章及其他荣誉表彰的物品;
(七)根据《中华人民共和国缔结条约程序法》，以中华人民共和国、中华人民共和国政府或者中华人民共和国政府部门名义同外国、国际组织缔结的条约、协定和其他具有条约、协定性质的文件中规定免于查封、扣押、冻结的财产;
(八)法律或者司法解释规定的其他不得查封、扣押、冻结的财产。
第六条 对被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。
刑事诉讼是处于平等对抗地位、有纠纷的双方向处于中立地位的裁判方告诉其纠纷，并请求裁判方解决其纠纷的活动。在刑事诉讼中，申请法院执行的条件主要有：
1、申请执行的法律文书必须已经生效;
2、申请执行的法律文书具有可执行的内容;
3、申请执行人必须是法律文书规定的权利人或者权利承受人;
4、义务人没有按期履行义务;
5、属于执行法院管辖。