(1)产生犯意的时间不完全相同。单位犯罪中，犯意只能产生于犯罪行为实施以前。这是因为，单位犯罪总是在单位集体研究决定或单位负责人决定之后才去实施，因而必然是在犯意产生之后才去实施。共同犯罪中，犯意产生的时间是较为随意的，既可以是在实施犯罪以前，也可以在实施犯罪过程中。
(2)犯意的种类不同。单位犯罪中的行为人在主观上表现为直接故意。共同犯罪的行为人在主观上既可以都表现为直接故意，也可以有的表现为直接故意，有的表现为间接故意，还可以都表现为间接故意。
(3)承载犯意的最终主体不同。单位犯罪中，除了存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员的犯意外，还存在一个单位犯意，并且最终是以单位整体犯意来追究的，即在单位犯罪中，犯罪活动是以单位的名义实施的，个人意志要通过单位的意志表现出来。共同犯罪中，除了各个共同犯罪人的犯意外，不存在其他犯意，犯罪活动一般就是以犯罪分子的名义实施的，不存在以另一个单位的名义实施犯罪的情况，即使是以另一个单位的名义实施的，也不能代表该单位的意志。这是区分单位犯罪和共同犯罪的一个重要标准。
(4)犯罪动机不同。单位犯罪中，各犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现单位利益。共同犯罪中，各共同犯罪人实施犯罪活动的动机是为了实现个人目的。这是区分单位犯罪和共同犯罪的另一个重要标准。当某些犯罪分子利用单位的名义实施犯罪时，究竟是按照单位犯罪处理，还是按照共同犯罪处理，就必须考查是为了个人利益还是为了单位利益。
(5)单位犯罪的情况下，单位成员并非都有犯罪意图和犯罪行为。共同犯罪尤其犯罪集团的参加人都有犯罪意图和相应的犯罪行为。
(6)单位组织与共同犯罪中组织不同。在单位犯罪的情况下，单位都是合法组织(根据司法解释，为了犯罪组建法人，然后以单位名义进行犯罪，其犯罪行为不是单位犯罪。如赖*星走私案)。共同犯罪中组织即犯罪集团是为了犯罪而建立起来的非法组织。在某些情况下，建立非法组织的行为本身就构成犯罪的既遂，例如刑法第294条规定的组织、领导和积极参加黑社会性质的组织罪。多数情况下，建立犯罪集团是犯罪的预备行为。
(7)法律规定的模式不同。对于单位犯罪，刑法采取的是总则统一规定与分则具体规定相结合的模式。如果刑法分则没有对某种具体犯罪设立单位犯罪条款，即使行为符合单位犯罪的条件，也不能按单位犯罪处理。例如，某行政单位经集体讨论决定，挪用本单位100万元资金从事股票投机，希望给本单位谋取一些预算外资金，结果造成重大损失。这种行为完全符合单位犯罪的特征，但由于刑法没有对挪用公款罪规定单位犯罪，因而对该行为不得以单位犯罪论处。对此情况，如果该行为符合挪用公款罪的构成要件，可以按挪用公款罪追究有关人员的刑事责任。对于共同犯罪，刑法采取在总则统一规定的模式，犯罪活动只要符合刑法总则有关共同犯罪的规定，就应当按共同犯罪处理，除非法律有特殊规定。
单位犯罪在主观方面要求，必须是为本单位牟取非法利益或者维护本单位的局部利益而实施犯罪。如果不是为了单位的利益，而是为了谋取个人的利益，以单位的名义实施犯罪行为，则不能构成单位犯罪。比如《刑法》第343条非法采矿罪，犯罪主体既可以是自然人也可以是单位，如果行为人在主观上是为了谋取个人的利益，而不是为给单位牟取非法利益，即使其以单位名义实施犯罪，也只能认定是自然人犯罪而不能认定是单位犯罪。