1、犯罪的直接客体不同。投敌叛变罪的直接客体是人民民主专政的政权和社会主义制度，间谍罪的直接客体是狭义上的国家安全，而不是直接指向人民民主专政和社会主义制度。
2、犯罪客观特征不同。投敌叛变罪是投降敌人或投奔敌人，进行危害国家安全的活动，这是投敌叛变罪唯一的表现形式，亦即投敌叛变罪行为人为之效力的只能是敌人，即敌对势力，包括国内的和国际的。间谍罪的行为内容则包括三种，即参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的间谍活动任务;为境外机构、组织、人员窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或者情报;为敌人指示轰击目标。可见，间谍罪的行为人为之效力的既可以是敌对国家或势力，也可以不是敌对国家或势力。
3、犯罪主体不同。投敌叛变罪主体只能是中国公民，间谍罪则也可以是外国人、无国籍人。
4、犯罪主观方面不同。投敌叛变罪有特定的目的，而间谍罪没有特定的目的。
《刑法》第一百零八条\\【投敌叛变罪】投敌叛变的，处三年以上十年以下有期徒刑;情节严重或者带领武装部队人员、人民警察、民兵投敌叛变的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
第一百一十条\\【间谍罪】有下列间谍行为之一，危害国家安全的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑;情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑：
1、参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的;
2、为敌人指示轰击目标的。