因为公诉转自诉原本就是属于公诉案件，反诉程序里面检察院是不能做被告的。
公诉案件转为自诉案件时，并不是简单的直接转化就可以的，在不同的阶段，公诉转自诉的处理也不同。
1、被害人认为自己的合法权益受到犯罪行为的侵害，向公安机关报案和求助，公安机关积极受理，进行必要的侦查，帮助被害人减轻和挽回损失是应当的，也是职责所在。经查明行为人所犯之罪不属于公诉罪而属于告诉才处理的犯罪的时候，公安机关应当即行停止刑事追究，根据刑事诉讼法第15条作出撤销案件的决定，并依照法律有关管辖的规定，告知被害人有权决定是否向人民法院提出起诉。人民检察院直接受理的自侦案件遇到同类情况也应当按照这一原则处理。
2、人民检察院对公安机关移送起诉的案件，如果公安机关是直接以告诉罪移送起诉的，或者移送起诉是公诉罪，但经审查认为是告诉罪的，应当以管辖错误，依照刑事诉讼法第142条之规定，作出不起诉决定。如果这种情况人民检察院是在审查批准逮捕中遇到，则应以同样的理由作出不批准逮捕的决定。
根据刑事诉讼法的规定，自诉案件分为三种：一是告诉才处理的;二是被害人有证据证明的轻微的刑事案件;三是被害人有证据证明被告人侵犯自己人身、财产权利的行为依法应当追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究的案件。
对检察院提起公诉的案件，无论法院如何处理，此类案件不可能转化为第三类自诉案件。这就说明，对检察院提起公诉的案件，法院如果改变罪名变为自诉案件时只有两种类型。当变更罪名后属于告诉才处理的案件时，这类案件排除检察院的管辖权，虽然已经被提起公诉，但是，法院不应当对违反立案管辖的案件作出裁判，应当建议检察院撤回起诉。检察院撤回起诉后，应当告知被害人有权直接向法院提起自诉。然而有时候检察院不愿意撤回起诉，变通的方法就是，法院应当告知被害人，检察院提起公诉的案件不属于公诉案件，检察院对该案没有起诉的资格，必须由被害人亲自告诉。
法院对被害人口头或者书面的告诉都可以受理，然后告知其举证的义务，同时依职权调取检察院的证据材料，按照自诉程序审理。如果此时被害人不愿意告诉，要求按照检察院起诉的指控判决，这时，法院必须向被害人释明，不告诉将视为其放弃告诉权利，被告人将被宣告无罪。如果被害人坚持不告诉的，法院可以宣告被告人无罪。当变更罪名后属于有证据证明的轻微刑事案件时，由于这类案件公诉程序与自诉程序互不排斥，被害人可以提起自诉，但不是必须自诉，公安机关也可以立案侦查,在侦查终结后移送检察院提起公诉，因此，对公诉案件变更罪名后将成为这类自诉案件时，法院可以直接变更罪名，既不必建议检察院撤回起诉，也不必告知被害人提起自诉。