疫情期间重庆轻轨未停运，乘客可以正常乘坐地铁，但是结合当前疫情防控情况，重庆轨道集团对轨道交通线网运营方案做出调整。
一方面，缩短运营时间。1月31日起，重庆轨道交通缩短运营时间，全线网运营时间调整为7:30至20:30。
另一方面，延长发车间隔。1月31日起，重庆轨道交通环线和轨道1、2、3、6、10号线，发车间隔延长至20分钟；轨道4、5号线和轨道6号线支线，发车间隔延长至30分钟。
1月31日起，重庆轨道交通车站部分出入口暂时关闭，涉及全线网54个车站的74个出入口。
而在关闭车站部分出入口基础上，2月1日起，重庆轨道交通5个车站暂时关闭，包括3号线观音桥站、南坪站，2号线临江门站、杨家坪站，1号线与环线沙坪坝站。
轨道集团将继续结合客流及疫情情况，研究编制疫情期间的行车组织方案、客运组织方案，有计划的组织人员上岗和安检设置，做好运力调配和服务保障，加强客流疏导和运营保障。