依据我国相关法律的规定，人民检察院负责案件管理的部门发现违反羁押期限、办案期限规定的，应当及时提出纠正意见。
《人民检察院刑事诉讼规则》
第六百六十五条 人民检察院负责案件管理的部门发现本院办案活动具有下列情形之一的，应当及时提出纠正意见：
(一)查封、扣押、冻结、保管、处理涉案财物不符合有关法律和规定的;
(二)法律文书制作、使用不符合法律和有关规定的;
(三)违反羁押期限、办案期限规定的;
(四)侵害当事人、辩护人、诉讼代理人的诉讼权利的;
(五)未依法对立案、侦查、审查逮捕、公诉、审判等诉讼活动以及执行活动中的违法行为履行法律监督职责的;
(六)其他应当提出纠正意见的情形。
情节轻微的，可以口头提示;情节较重的，应当发送案件流程监控通知书，提示办案部门及时查明情况并予以纠正;情节严重的，应当同时向检察长报告。
办案部门收到案件流程监控通知书后，应当在十日以内将核查情况书面回复负责案件管理的部门。
根据现行法律法规的有关规定和司法中的实际操作，目前主要包括以下几个方面：
1、不报不立的案件。所谓“不报不立”，就是刑事立案主体已经发现并掌握了犯罪事实，本该立案，但由于缺乏控告、举报等材料而不立案。
2、不破不立的案件。所谓“不破不立”，是指刑事立案主体对案情复杂，一时难以侦破的案件，不立案就开展侦查，待破了案再补立案手续。这种做法违反了刑事诉讼法规定。
3、应立而不立的案件。所谓“应立而不立”，是指刑事立案主体对符合法定立案条件的案件故意不予以立案或者以罚代刑、以劳代刑等。这种故意往往出于执法人员权钱交易、以权谋私、徇私舞弊等原因，是人民检察院进行监督的重点。此外，刑事立案监督的内容应当不仅局限于对是否立案的法律监督，还包括对刑事立案程序是否规范以及立案和不立案的决定是否合法等相关刑事立案活动的法律监督。
人民检察院在刑事立案监督工作中，应当准确把握刑事立案监督的范围和内容，注意划清“没立案” 和“不立案”的界限。“没立案”是指刑事立案主体没有发现或虽已发现，但正在审查，还没有作出是否立案决定的案件。“不立案”是指刑事立案主体已经作出不立案决定的案件。只有刑事立案主体已经作出不立案决定的案件，才能按照刑事立案监督程序来办理。当然，要防