往来港澳通行证签注分为6个种类：探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)和逗留(D)。根据申请事由分类签发。
(一)探亲签注
1、探望配偶，父母或者配偶的父母、子女可以签发3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过14天;或者3个月多次签注，在香港或者澳门逗留不超过自首次进入之日起90天;探望配偶的，如育有未成年子女，可以申请1年多次签注。
2、探望兄弟姐妹，签发3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过14天。
(二)商务签注
1、已办理登记备案的单位人员，根据公布的审批条件，可以签发3个月一次签注、3个月多次签注、1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
2、未办理登记备案的单位人员，个体工商户经营者，签发3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过7天。
(三)团队旅游签注。赴香港团队旅游可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注;赴澳门团队旅游可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
(四)其他签注。可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过14天。
(五)逗留签注。签发多次签注，出境有效期根据香港或者澳门有关部门批准的期限签发。