依据我国相关法律的规定，在公司上班得了肺炎的，如果是传染病的，应该进行隔离治疗，公司其他人也要隔离，并且进行消毒处理，患病员工的工资待遇应该正常发放。
《中华人民共和国传染病防治法》
第四十一条 对已经发生甲类传染病病例的场所或者该场所内的特定区域的人员，所在地的县级以上地方人民政府可以实施隔离措施，并同时向上一级人民政府报告;接到报告的上级人民政府应当即时作出是否批准的决定。上级人民政府作出不予批准决定的，实施隔离措施的人民政府应当立即解除隔离措施。
在隔离期间，实施隔离措施的人民政府应当对被隔离人员提供生活保障;被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的工作报酬。
隔离措施的解除，由原决定机关决定并宣布。
(1)及时向卫生行政部门报告职业病病人
用人单位应建立职业病报告制度，责任到位，有人负责，当发现有职业病病人时，按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告，不得虚报、漏报、拒报、迟报、伪造和篡改。
(2)向所在地劳动保障部门报告
用人单位出现职业病病人时，除按照规定的时限和程序向卫生行政部门报告外，同时还应向所在地劳动保障部门报告。
(3)积极安排劳动者进行职业病诊断和鉴定
如果员工在工作过程中感到不适，又排除其他疾病的，经员工申请，用人单位应安排员工的职业病诊断，对职业病诊断结果有异议的可申请职业病诊断鉴定。为了保证受到职业病危害的劳动者享有充分的权利，职业病诊断、鉴定费用由用人单位承担。