依据我国相关法律的规定，不同的运输合同诉讼时效是不一样的，除了有特殊规定外，普遍适用三年的诉讼时效，从知道权利被侵犯时开始计算。
《中华人民共和国民法总则》
第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《中华人民共和国民用航空法》
第一百三十五条：航空运输的诉讼时效期间为二年，自民用航空器到达目的地点、应当到达目的地点或者运输终止之日起计算。
《中华人民共和国海商法》
第二百五十七条 就海上货物运输向承运人要求赔偿的请求权，时效期间为一年，自承运人交付或者应当交付货物之日起计算;在时效期间内或者时效期间届满后，被认定为负有责任的人向第三人提起追偿请求的，时效期间为九十日，自追偿请求人解决原赔偿请求之日起或者收到受理对其本人提起诉讼的法院的起诉状副本之日起计算。
有关航次租船合同的请求权，时效期间为二年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。
货运代理人需要承担的风险如下：
1、因安排运输疏忽，错发、错运、错交、迟延运输货物，遗漏、错误缮制、签发运输单证、文件而给委托人造成的费用损失;
2、因受托包装、加固货物不当，而给委托人造成的货物损失;
3、因临时保管不善，造成委托人的货物损失;
4、因选择承运人、仓储保管人不慎，造成委托人货物损失;
5、因交付、接收货物疏忽，没有取得当时货物状况的证据，导致委托人不能向责任人索赔的损失;
6、因装箱、拆箱、拼箱操作失误，造成委托人货物损失;
7、因自身过错造成他人集装箱箱体及附属设备损坏;
8、因报关、报检、报验失误，违反进出口管制规定或海关、商检、动植物检验、检疫机关要求而被有关当局征收额外的税费，处以相应的罚款;
9、因代办保险失误，漏保、错保、申报错误，造成委托人不能或难以获得保险公司的赔偿;
10、因侵权行为，造成第三方人身伤亡或财产损失。