一、房屋转让协议只有一式一份,不影响其法律效力。只要是双方真实意思的表示，不违反法律法规的行政强制性规定，不违反公序良俗与损害第三方及国家利益的合同，都具有法律效力。但是一般合同都是一式两份，双方当事人各持一份。
二、在合同(协议)当事人(双方)或多方，只有一份协议时，存在合同程序上的瑕疵(应当合同当事人分别持有或相应机关存档)，但这个瑕疵不影响合同效力。协议书的法律效力与协议书的份数没有关系，只要符合法律规定的形式要件和实质要件就是有效的协议，只要双方签字或盖章后协议就生效了。
三、除法律有特别规定(劳动合同要双式)外，协议书的正本实际上就是份就成就了，其它的可以视为协议或合同的副本。在现实生活中很多协议只有一份(比如借款协议双方签字了存于债权人处，诺允合同一般也只有一份)的情况，并不影响协议效力。
《中华人民共和国合同法》
第四十四条 合同的生效
依法成立的合同，自成立时生效。 法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
第五十二条 合同无效的法定情形
有下列情形之一的，合同无效： (一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益; (二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益; (三)以合法形式掩盖非法目的; (四)损害社会公共利益; (五)违反法律、行政法规的强制性规定。