二罪的区别是明显的，主要区别在于客观方面不同。运送他人偷越国(边)境罪表现为为他人提供运输工具，并且将他人送出或送入国(边)境。组织他人偷越国(边)境罪表现为采取煽动、串连、拉拢、引诱、欺骗、强迫等手段，策划联络安排他人偷越国(边)境。
司法实践中，经常表现为既组织又运送的行为，对此如何定罪，我们认为如果组织和运送的是同一批偷越国(边)境者，按组织他人偷越国(边)境罪定罪处罚。如果既组织他人偷越国(边)境，又运送他人偷越国(边)境、这些偷越国(边)境又不是同一批的，应定组织他人偷越国(边)境罪和运送他人偷越国(边)境罪两罪，二罪并罚。
本条第2款规定：“对被运送人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为，或者对检查人员有杀害、伤害等犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚”。在运送他人偷越国(边)境犯罪过程中，对被运送人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为，或者对检查人员有杀害、伤害等犯罪行为的，运送他人偷越国(边)境罪与杀人、伤害、强奸等这几种犯罪是独立的数罪关系，因此，应当按照运送他人偷越国(边)境罪和另外实施的故意杀人、故意伤害、强奸等犯罪行为，分别定罪判刑，然后实行并罚。