实践中经常发生一些消费者通过正常渠道反映生产、经营者的商品有假冒伪劣的情况；或者新闻媒体对一些商业信誉、商品声誉差的生产、经营者予以公开披露、曝光的，对于这类正当批评，即使揭露的事实中有部分出入，但是，由于其基本事实的属实，上述公开披露、曝光的行为应当属于合法行为，应予以支持和保护。其次应当严格划清违法与犯罪的界限，在审判实践中，要以损害商业信誉和商品声誉罪的构成要件为标准认定罪与非罪，对于那些确实具有损害商誉性质的行为，应当鉴别其危害程度，如果确系情节显著轻微，损害后果不大的，可依照本法第13条规定不认为是犯罪。
“重大损失”和“其他严重情节”是损害本罪的“量”的规定，属于该罪犯罪构成的重要组成部分，涉用至罪与非罪的界限问题。所谓“重大损失”，应当指侵害人实施的损害行为，造成他人商誉贬值，进而使他人蒙受重大经济损失。在认定这一侵害结果时，首先要确认捏造并散布虚伪事实之行为负刑事责任。其次，要准确地界定损失范围，确定损失是否为重大。所谓损失的范围，可以考虑以下几方面：（1）客户退货损失；（2）滞销压库损失；(3)为正名所进行宣传耗费的损失。(4)预期利益和停产期间的损失。所谓“其他严重情节”，应当是指除上述给被害人造成重大损失以外的各种综合性评判指标，一般要包括侵害人主观方面恶性的深浅，行为次数的多少、行为方式恶劣与否、社会影响大小、有无同种劣迹等等，应当在实践中加以摸索、待成熟后作比明确司法解释为宜。
在认定损害商业信誉、商品声誉罪时，应当划清与诽膀罪的界限。本法第246条规定，诽谤罪是指捏造并散布某种事实，损害他人人格，破坏他人名誉，情节严重的行为。该两种罪在主观方面、客观方面、主体方面都有十分相似之处。二者的区别最主要体现在侵犯的客体不同：前者是通过“诽谤”的方式侵犯竞争对方的商业信誉、商品声誉，进而扰乱市场经济秩序；后者则是通过诽谤侵害公民的人格。在现实生活中，如果侵害人的诽谤行为针对企业负责人或者经营者本人的，就应当具体分析行为的特征和侵害人的主观方面特征，来确定罪名。侵害人如果以排挤竞争为目的，捏造并散布虚伪的事实，但同时指向商业信用主体和其负责人个人的，应当认定为本罪。如果侵害人为发泄个人不满，蓄意贬低企业负责人个人的，应当认定为诽谤罪。如果一行为既贬低企业又贬低个人的，应以想像竞合原则处理。如果是数行为既触犯诽谤罪又触犯损害商业信誉、商品声誉之数客体，则应数罪并罚。