认定传染病防治失职罪时，应区分传染病防治失职罪与工作失误的界限。因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与传染病防治失职罪相同之处。但两者有严格的区别：(1)客观行为特征不同。工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务;而传染病防治失职罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务。(2)导致发生危害结果的原因不同。工作失误，是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不高，业务素质较差，缺乏工作经验，因而计划不周，措施不当，打法不对，以致在积极工作中发生错误，造成国家和人民利益遭受重大损失。而传染病防治失职罪，则是违反工作纪律和规章，严重官僚主义，对工作极端不负责任等行为造成严重后果的。