擅自销毁帐簿的是偷税，税务机关有权核定其应纳税额。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第六十三条 纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第三十五条 纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额:
(一)依照法律、行政法规的规定可以不设置帐簿的;
(二)依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设置的;
(三)擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的;
(四)虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐的;
(五)发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;
(六)纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。