第一，侦查人员在办案中违反法律规定，侵犯犯罪嫌疑人的人身权利。
《刑事诉讼法》第43条规定，严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据。但是，在司法实践中，仍然有个别侦查人员不遵守法律的规定，对犯罪嫌疑人采取殴打、体罚及其他人身侮辱的行为，造成了对犯罪嫌疑人人身权利的极大的损害。因此，如果律师认为侦查人员侵犯了犯罪嫌疑人的人身权利，律师就可以代理犯罪嫌疑人向有关部门提出控告。
第二，侦查人员在办案中违反法律规定，侵犯犯罪嫌疑人的诉讼权利。
《刑事诉讼法》第14条规定，人民法院、人民检察院和公安机关应当保障诉讼参与人依法享有的诉讼权利。在侦查阶段，犯罪嫌疑人所享有的诉讼权利主要有：（1）有使用本民族语言文字进行诉讼的权利；（2）有获知所享有的诉讼权利的权利；（3）有聘请律师的权利；（4）有拒绝回答与本案无关的问题的权利；（5）有申请侦查人员回避的权利；（6）有要求对超过法定期限的强制措施进行解除的权利。如果律师认为犯罪嫌疑人的以上权利被侵犯，律师也可以代理犯罪嫌疑人向有关部门提出控告。
第三，侦查人员在办案中违反法律规定，侵犯犯罪嫌疑人的其他合法权益。
我国的宪法和法律对于公民的权利作了广泛的规定，给予了充分的保护，犯罪嫌疑人是刑事诉讼的诉讼参与人，在未经人民法院判决之前，其并没有被确定有罪。因此，除了人身权利和诉讼权利以外，犯罪嫌疑人的其他合法权益不能受到侵犯。如果律师认为侦查人员侵犯了犯罪嫌疑人的其他合法权益，律师同样可以代理犯罪嫌疑人向有关部门提出控告。
律师除了可以代理犯罪嫌疑人提出控告以外，如果发现侦查机关管辖不当的，还可以代理犯罪嫌疑人提出管辖异议。
《刑事诉讼法》修改以后，增加规定了犯罪嫌疑人在被侦查机关第一次讯问后或者采取强制措施之日起，可以聘请律师为其提供法律咨询、代理申诉、控告。这一新的规定具有重要的意义：
（1）这一规定使得犯罪嫌疑人在刑事诉讼的开始阶段就处于律师的法律帮助之下。
在刑事诉讼中，犯罪嫌疑人的地位比较特殊，其人身自由往往处于程度不同的限制状态，且大多数犯罪嫌疑人不懂得自己享有什么样的诉讼权利；其诉讼权利受到侵犯后，也不敢进行控告；对其行为是否构成犯罪也不知道。律师代理其申诉和控告，可以充分维护犯罪嫌疑人的合法权益，对维护人权有着重要的意义。
（2）这一规定使得公安机关的侦查活动处于更好的监督之下。
虽然《刑事诉讼法》规定人民检察院依法行使法律监督职能，但是，由于人民检察院在诉讼中与公安机关同样处于犯罪嫌疑人的对立面。犯罪嫌疑人因害怕自己提出申诉、控告会被认为是“拒不认罪”或“态度不好”而加重对自己的处罚，从而不敢提出申诉和控告。而由律师代为提出申诉和控告，可以使侦查机关的侦查活动受到律师的制约和监督，对于公安机关能够更好地依法行使侦查权有着重要的意义。
律师代理犯罪嫌疑人提出申诉与审判监督程序中的申诉是不同的。审判监督程序中的申诉是指当事人及其法定代理人、近亲属，以已经发生法律效力的判决、裁定不服的，向人民法院或者人民检察院提出申诉，而《刑事诉讼法》第96条所规定的犯罪嫌疑人聘请律师代理申诉，一般是指根据犯罪嫌疑人所提供的案件情况，律师认为犯罪嫌疑人没有参与所指控的犯罪，律师可以接受犯罪嫌疑人的委托，代理其向有关机关提出申诉，要求予以纠正。如某人因涉嫌故意伤害罪被羁押，律师通过向其了解情况，认为其系正当防卫，就可以代其向侦查机关提出申诉，要求予以纠正。因此，律师代理犯罪嫌疑人提出申诉是在侦查阶段所行使的一种辩护权。律师行使这种权利可以使犯罪嫌疑人的合法权益得到维护，对正确应用法律，保障无罪的人不受刑事追究有着重要的意义。