依据我国城乡规划法等法律的规定，对于违法建筑的认定和处理，主要分为五个阶段：
1、调查阶段
城乡规划法规定，建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续，对在建的工程进行调查时，建筑工程未取得建设规划许可证的，可以认定为违法的建筑。
2、责令停止违法行为阶段
城乡规划法规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。
3、行政处罚权力告知阶段
行政机关作出违法建筑认定违法建筑的处罚决定后，建设者不自行拆除违法建筑的，城乡规划部门会在强制拆除之前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。
4、处罚执行阶段
当事人对违法建筑不自行拆除，又不申请行政复议或者提起行政诉讼的，行政处罚决定即发生法律效力，行政机关依法向人民法院申请强制执行。
5、强制执行阶段
城乡规划法规定，城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
《中华人民共和国城乡规划法》
第四十条 在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。
申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。
城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。
第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十八条 城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。