能申请执行，因为判决书中明确规定了被告应尽的作为义务(即协助原告办理相关的手续)。不过有时间限制，即申请人需在规定期限内提出，民诉规定：申请执行人民法院的民事判决文书，双方或一方是公民的，申请执行的期限为一年。申请执行期限，从法律规定的履行期间的最后一日起计算。逾期申请的，除正当理由外，法院不予受理。所以要注意期限。如果在履行期限内，法院能对被告采取执行措施被执行人拒不履行生效法律文书中指定的行为的，人民法院可以强制其履行。
《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》
50.被执行人不履行生效法律文书确定的义务，人民法院有权裁定禁 止被执行人转让其专利权、注册商标专用权、著作权(财产权部分)等知识产权。上述权利有登记主管部门的，应当同时向有关部门发出协助执行通 知书，要求其不得办理财产权转移手续，必要时可以责令被执行人将产权 或使用权证照交人民法院保存。
对前款财产权，可以采取拍卖、变卖等执行措施。
民事判决可以一审就终审判决，刑事诉讼、民事诉讼、行政诉讼，除了法律规定的特殊情况以外都是施行“两审终审制”的。对一审判决不上诉的，一审判决即为生效终审判决;提出上诉的，二审判决是终审判决，也是生效判决。而除此之外，在我国民事诉讼法规定当中存在着许多可以使用一审终审制度的诉讼案件以及适用小额诉讼程序的案件都是属于一审终审。