依据我国相关法律的规定，行政协议约定被告负有履行批准程序等义务而被告未履行，原告要求被告承担赔偿责任的，人民法院应予支持。
《最高院关于审理行政协议案件若干问题的规定》
第十三条 法律、行政法规规定应当经过其他机关批准等程序后生效的行政协议，在一审法庭辩论终结前未获得批准的，人民法院应当确认该协议未生效。
行政协议约定被告负有履行批准程序等义务而被告未履行，原告要求被告承担赔偿责任的，人民法院应予支持。
1、行政合同的当事人必有一方是行政主体，享有行政权力。行政合同是行政主体为了实现行政管理目标而签订的，因此，当事人中必有一方主体是行政主体。没有行政主体的参加，不能称为行政合同。行政合同必须有行政机关参加并不意味着凡有行政机关的合同都是行政合同。行政机关具有双重身份：行政主体和民事主体。当行政机关以民事主体身份签订的合同，如与家具厂签订的购买办公设备合同，该合同是民事合同;只有当行政机关以行政主体身份签订合同时，该合同才是行政合同。
2、行政合同的目的是实施行政管理。行政主体签订行政合同的目的是实现行政管理职能，维护公共利益，而不是为了自身的经济利益。如为了修建道路、桥梁、机场等公共设施，行政主体与企业签订的共同投资建设合同等。
3、行政主体对于行政合同的履行享有行政优益权。与民事合同主体签订合同是为了自身利益不同，行政主体签订行政合同是实现行政管理目标，维护公共利益。因此，行政主体对行政合同的履行享有民事合同主体不享有的行政优益权。具体体现为对合同履行的监督权、指挥权、单方变更权和解除权。当然，行政主体只有在合同订立后出现了由于公共利益的需要或法律政策的重大调整，必须变更或解除时，才能行使单方变更、解除权。由此造成相对人合法权益损害的，要予以补偿。
4、行政合同双方当事人因为履行行政合同发生争议，受行政法调整，根据行政法的相关原则，通过行政救济方式解决。