本法对军人叛逃罪和第109条的叛逃罪的规定存在部分法规竞合关系，即本法第109条对国家机关工作人员犯叛逃罪的规定可以包括一部分军人叛逃罪。当军人叛逃时，应优先适用本章的规定，以军人叛逃罪论处。
军人叛逃罪与逃离部队罪都有离队不归的行为，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
1、军人叛逃罪侵害的是国防安全秩序，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序。
2、军人叛逃罪的行为人必须逃亡到境外，而逃离部队罪的行为人并不要求逃往境外。
3、主观方面，军人叛逃罪的行为人在主观上具有背叛国家的目的，而逃离部队罪的行为人在主观上仅有逃避服兵役的目的。
军人叛逃到境外的行为本身必然包含了逃离部队、逃避服兵役的行为，因此在适用法律上，应根据重罪吸收轻罪的原则，以军人叛逃罪论处，不能再定逃离部队罪实行数罪并罚。
军人叛逃罪与投敌叛变罪都有叛变的行为，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
1、军人叛逃罪侵害的是国防安全秩序，而投敌叛变罪所侵害的是国家安全秩序。
2、军人叛逃罪表现为出逃到境外，叛逃后并不一定投靠具体的机构、组织，即使投靠也不是投靠敌对的机构、组织，而投敌叛变罪则不一定逃到境外，但必须有具体的投靠对象，而且这些投靠对象必须是敌对的国家、集团、机构、组织等。