1.划清本罪与玩忽职守罪的界限。二者的区别在于：(1)犯罪主体不同。前者的主体是负责办理护照、签证以及其他出入境证件的国家机关工作人员，后者的主体则是一般国家机关工作人员。(2)主观方面不同。前者主观上具有明知的故意，后者则出于过失。
2.划清一罪与数罪的界限。行为人明知是偷越国(边)境的人员而向其出售护照、签证以及其他出入境证件的，其行为同时触犯办理偷越国(边)境人员出入境证件罪和刑法第320条规定的出售出入境证件罪两个罪名，应按照处理法条竞合犯的原则，从一重罪处断，不实行并罚。
3.划清本罪与组织他人偷越国(边)境罪、运送他人偷越国(边)境罪共犯的界限。行为人与组织、运送他人偷越国(边)境的犯罪分子相勾结，为偷越国(边)境的人员办理出入境证件的，构成该两罪的共犯，不以本罪论处。
4.明知偷越国(边)境的人员是犯罪的人而为其办理出入境证件的，其行为同时触犯办理偷越国(边)境人员出入境证件罪和窝藏罪两个罪名'构成想象竞合犯，应从一重罪处断，不实行并罚。